L'élément rythmique le plus fondamental de la musique salsa est un motif et un concept appelé clave. Clave est un mot espagnol qui signifie clé, comme dans la clé d'un mystère ou d'une énigme, ou clé de voûte, la pierre en forme de coin située au centre d'une arche reliant les autres pierres.

Clave est aussi le nom des motifs joués sur les claves; deux bâtons de bois dur utilisés dans des ensembles de musique afro-cubains. La clave à cinq temps représente le noyau structurel de nombreux rythmes afro-cubains, populaires et folkloriques. Tout comme une clé de voûte maintient une arche en place, le motif de clave maintient le rythme ensemble. Les modèles de clave trouvent leur origine dans les traditions musicales de l'Afrique subsaharienne, où ils remplissent la même fonction que dans la salsa.

Chaque partie d'ostinato qui couvre un cycle de quatre temps principaux a un alignement spécifique avec la clave et exprime les qualités rythmiques de la clave de manière explicite ou implicite. Chaque musicien de salsa doit savoir comment sa partie s’adapte à la clave et aux autres parties de l’ensemble.

La conga tumbao de base, ou marcha, produit des claques (têtes de notes triangulaires) et des notes ouvertes (têtes de notes régulières) sur les "et" décalés. Le ton unique qui coïncide avec le troisième coup de clave s'appelle ponche, un accent important syncopé. L'alignement spécifique entre la clave et la conga est critique.

La conga, également connue sous le nom de tumbadora, est un tambour haut, étroit et à une seule membrane en provenance de Cuba. Les congas sont taillés comme des barils et classés en trois types: quinto (tambour principal), tres dos ou tres golpes (milieu) et tumba ou salidor (inférieur).

Les congas étaient à l'origine utilisés dans les genres de musique afro-cubaine tels que le conga (d'où leur nom) et la rumba, où chaque batteur jouait un seul tambour. Après de nombreuses innovations dans le domaine des tambours et de la construction au milieu du XXe siècle, ainsi que son internationalisation, il est devenu de plus en plus courant que les batteurs jouent de deux ou trois tambours. Les congas sont devenus un instrument populaire dans de nombreuses formes de musique latine, telles que le son (lorsqu'il est joué par des conjuntos), le descarga, le jazz afro-cubain, la salsa, le songo, le merengue et le rock latino.

La plupart des congas modernes ont une coque en bois ou en fibre de verre, et une peau tendue par des vis. Ils sont généralement joués en groupes de deux à quatre avec les doigts et les paumes des mains. Les congas typiques mesurent environ 75 centimètres du fond du fût jusqu’à la membrane. La batterie peut être jouée en position assise. Alternativement, les tambours peuvent être montés sur un support pour permettre au musicien de jouer debout. Bien que originaires de Cuba, leur incorporation dans la musique populaire et folklorique d’autres pays a entraîné une diversification de la terminologie des instruments et des musiciens. A Cuba, les congas sont appelés tumbadoras.

Les joueurs de Conga sont appelés congueros, tandis que rumberos désigne ceux qui dansent en suivant le chemin des musiciens. Le terme "conga" a été popularisé dans les années 1930, lorsque la musique latine a balayé les États-Unis. Le son cubain et le jazz new-yorkais ont fusionné pour créer ce que l’on appelait alors le mambo, mais qui est devenu plus tard connu sous le nom de salsa.

Le bongo est originaire de l'est de Cuba au xixe siècle. Les bongos utilisés dans le changui, connus sous le nom de bongo el monte, sont plus grands et plus graves que leurs équivalents modernes. Les bongos sont aussi utilisés dans le genre musical cubain proche connu sous le nom de son. Les bongos sont parvenus dans l'ouest de Cuba au tournant du xxe siècle, lorsque le son a atteint La Havane. Avec l'apparition du son cubain à la fin des années 1930, les joueurs de bongo (bongoceros) ont commencé à jouer d'une grande cloche de vache (cencerro) pendant les chorus (montuno) des chansons.

Le bongo est constitué d'une paire de cylindres ou de troncs en cônes, en bois ou en fibre synthétique, muni chacun d'une seule membrane. Ces fûts de même hauteur (20 cm) ont des diamètres différents (20 et 30 cm environ). A l'origine, ils étaient appariés au moyen d'une bande de tissu et le percussionniste posait l'ensemble sur sa cuisse pour jouer. Rapidement, cette pièce de textile a été remplacée par un morceau de bois permettant à l'instrumentiste de coincer les tambours entre ses genoux. Dans les premiers temps, les peaux (de veau) étaient chauffées à la flamme pour accorder l'instrument. Un jour, à la fin des années 1940, les frères Vergarra, qui habitaient dans le quartier de Lawton à La Havane, ont modernisé la conga et le bongo en ajoutant un système de clés métalliques pour fixer les peaux. Cette amélioration a aussi été attribuée à Carlos "Patato" Valdés et à Basileo Pozo, expérimentant avec Ulpiano Diaz  secondés par un forgeron. Ces essais aboutissent à un système de clés, fixées sur le fût.